Les missions  de l'UPRI s'articulent autour de 4 thèmes :
- Prévenir les infections associées aux soins et à l'environnement
- Accompagner, former, informer les professionnels et faciliter la mise en place des mesures de prévention
- Conseiller et aider les managers dans la prise de décision de certains projets
- Contribuer à la surveillance des infections et à la réalisation des audits.